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Videoconferencia 27 febrero - Contenido educativo

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Subido el 17 de marzo de 2024 por Susana A.

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Vale. Bueno, pues, vale. Entonces, el otro día ya terminamos de ver lo que era la replicación. Ya vimos todas las, lo que es el replicoma, todas las enzimas que se necesitan para la replicación. 00:00:04
luego vimos la transcripción, la transcripción que es de ADN a ARN, al ARN mensajero 00:00:27
y vimos como se necesitaba una ARN polimerasa que es la que va a ir copiando 00:00:43
y ya vimos que aquí había que tener cuidado porque como es lo que se copia es de ADN a ARN 00:00:53
y entonces aquí había que tener cuidado porque ya el ARN lo que tiene es en vez de timina tiene uracilo 00:01:00
y las demás la adenina, la guanina y la citosina son iguales pero hay que tener cuidado aquí con el uracilo 00:01:08
y también vimos que conforme se iba originando la cadena de ARN mensajero 00:01:18
se iba separando de la doble cadena y al final esta doble cadena de ADN se vuelve a formar la hélice 00:01:27
y también vimos en la transcripción que hay una etapa de maduración 00:01:35
que solamente lo tienen las células eucariotas 00:01:45
que estas células eucariotas tienen una serie de genes que se llaman, son una serie de fragmentos de secuencias que se llaman intrones 00:01:50
y estos intrones no codifican a ninguna proteína. 00:02:00
Por lo tanto hay una etapa en la transcripción que se llama maduración y que consiste en la eliminación de estos intrones 00:02:04
y después se tienen que unir, los exones que quedan pues se unen. 00:02:12
Eso solamente se da en eucariotas 00:02:18
Y luego vimos la traducción 00:02:22
La traducción que consiste ya en el último paso 00:02:28
Que es de ARN mensajero a proteínas 00:02:31
Y esto se hace ya fuera del núcleo 00:02:35
Aquí en el núcleo tenemos el ADN 00:02:39
Y fuera del núcleo, acordaros que teníamos los ribosomas 00:02:43
y la cadena de ARN mensajero que sale del núcleo y el ribosoma que se coloca en la cadena. 00:02:47
Y luego necesitábamos también unos ARN de transferencia que son estos de aquí. 00:02:57
Y acordaros que estos ARN de transferencia tienen un aminoácido, cada ARN de transferencia tiene un aminoácido asociado 00:03:02
Y cada ARN de transferencia tiene el anticodón del codón del ARN mensajero. En el ARN mensajero cada tres bases es lo que se denomina codón. Por ejemplo, aquí GAU, pues el anticodón sería el del ARN de transferencia. 00:03:12
y el anticodón de este de GAU sería C de citosina, U de uracilo porque estamos también con ARN 00:03:34
y aquí en vez de uracilo pues tendríamos adenina, es el anticodón. 00:03:46
Y también vimos cómo se van uniendo los ARN de transferencia. Cada ARN de transferencia tiene un aminoácido asociado y según se van uniendo los ARN se va formando la proteína. 00:03:53
Esto en colores serían los aminoácidos que se van uniendo uno tras otro y se va formando la proteína y la etapa de traducción termina cuando se llega a un codón que es el codón stop y aquí ya termina la etapa de traducción. 00:04:16
Y entonces veíamos el código genético que cada tres bases equivalen a un aminoácido y también vimos que el código se dice que está degenerado porque hay varios tripletes que codifican para un mismo aminoácido. 00:04:35
Eso lo podemos ver aquí, lo que os decía el otro día, por ejemplo, pues la serina, pues para la serina podemos tener esta secuencia, la UCU o UCC o UCA o UCG. 00:04:58
Estos cuatro combinaciones de bases nitrogenadas nos van a formar la serina. 00:05:17
Y bueno, esta es otra forma de ver el código genético 00:05:24
Que sería, por ejemplo, aquí la serina que hemos dicho 00:05:34
Pues por ejemplo sería la U, la C y luego puede tener otra U 00:05:37
O U, C y otra C 00:05:42
U, C, A, estas darían lugar a la serina 00:05:45
Luego vimos como excepción del dogma central es la retrotranscripción. Al principio se pensaba que solo de ADN se podía formar ARN y de ARN proteínas, pero también se sabe que puede haber lo que se llama retrotranscripción. 00:05:51
O sea, que de ARN mensajero se convierta a ADN. 00:06:16
Vale, pues ahora vamos a pasar a ver las técnicas de extracción, purificación y cuantificación de los ácidos nucleicos. 00:06:26
Entonces, bueno, lo que primero se hace para analizar, para hacer un estudio del ADN, 00:06:38
pues lo primero que sería, había que obtenerlo, extraerlo de las células. 00:06:47
Después lo que se hace es purificar ese ADN. 00:06:55
¿Y cómo se puede purificar? 00:06:58
Pues hay varios métodos que son precipitación, centrifugación o cromatografía. 00:06:59
Y posteriormente se puede hacer una cuantificación mediante la técnica de espectrofotometría 00:07:07
o se puede también hacer un análisis más detallado, una detección mediante electroforesis en gel de agarosa. 00:07:13
Bueno, pues vamos a ver cada uno de estos pasos. 00:07:25
Bueno, pues eso, lo que os comentaba, la extracción y purificación es la primera etapa para los estudios de biología 00:08:05
y lo que nos interesa extraer y sobre todo purificar bien los ácidos nucleicos 00:08:13
para luego analizar, hacer alguna de las técnicas como la PCR o la técnica del ADN recombinante. 00:08:23
combinante. Entonces, elegir una técnica, la técnica más adecuada para extraer y purificar 00:08:35
el ácido nucleico, pues depende de lo que se vaya a hacer, la técnica que se vaya a 00:08:44
emplear después. También depende del ácido nucleico de interés del organismo fuente, 00:08:51
de dónde vamos a obtener ese ADN, si el material de partida es un tejido, una hoja, unas semillas, 00:08:59
un cultivo celular, si lo que queremos es una pureza alta, un alto rendimiento o si 00:09:06
lo que necesitamos es analizar algo que tengamos con algo de urgencia y entonces no nos interesa 00:09:14
tanto la pureza y, bueno, lo que os decía, luego lo que vamos a hacer posteriormente 00:09:23
con ese ADN, qué técnica vamos a utilizar. Las técnicas de análisis del ADN nos pueden 00:09:28
servir para determinar las secuencias de ADN, las secuencias de bases nitrogenadas, para 00:09:45
hacer una clonación, para diagnosticar una enfermedad, para determinar si un organismo 00:09:52
está modificado genéticamente o para pruebas ambientales. Como curiosidad, esto os ponen 00:10:01
ahí en el documento, fijaros que el ADN de dos personas distintas solo se diferencia 00:10:10
en un 0,1%, o sea, poquísimo. Dice, por tanto, en caso de personas sin parentesco, 00:10:15
aproximadamente cada mil bases hay una letra cambiada, solamente una letra entre mil pares de bases. 00:10:23
Pero sin embargo, esta simple diferencia en una letra, esta simple diferencia es suficiente para hacer una huella dactilar genética 00:10:33
y que es una huella de cada uno. 00:10:41
Y bueno, también nos comentan aquí que esta huella de acila se puede obtener con solamente 20 nanogramos de ADN. 00:10:48
Pues para extraer los ácidos nucleicos lo que tenemos que hacer es primero un análisis celular, 00:10:59
O sea, romper la célula, romper sobre todo la membrana que rodea la célula para poder obtener el ácido nucleico. 00:11:07
Por otro lado, tenemos que inactivar las nucleasas celulares. 00:11:17
Nucleasas, eso sonará a enzimas. 00:11:21
¿Os acordáis que las enzimas se nombran comúnmente terminadas en asa? 00:11:25
Pues las nucleasas son enzimas que degradan el ADN. 00:11:30
Por lo tanto, las tenemos que inactivar. 00:11:35
Y después lo que tendremos que hacer es separar esos ácidos nucleicos del resto de componentes de la célula. 00:11:39
Entonces, para hacer un análisis celular, la técnica debe ser, por una parte, fuerte para que rompa el material, que rompa la membrana, que rompa el tejido. 00:11:47
pero por otro lado tiene que ser suave para que no se nos rompa el ácido nucleico que estamos buscando, que queremos analizar. 00:12:00
Para ello hay varios procedimientos, uno de ellos sería la rotura mecánica, puede ser simplemente por trituración en un mortero o puede ser por lisis hipotónica. 00:12:13
Esto, si os acordáis de las proteínas, vimos algo parecido. Ponemos las células en una disolución de menor concentración y por osmosis la célula se va hinchando hasta que acaba rompiéndose. 00:12:27
O puede ser también por congelación y descongelación con nitrógeno líquido. Eso sería rotura mecánica. 00:12:41
Otra forma, pues mediante tratamiento químico, simplemente poner nuestro compuesto con detergentes, que puede ser con calor o sin calor, o con compuestos caotrópicos, sales caotrópicas. 00:12:52
Las sales caotrópicas son la urea, la tiourea y estas sales lo que hacen es romper los puentes de hidrógeno y por lo tanto desnaturalizan. 00:13:08
Y otra opción es hacer una digestión enzimática simplemente con enzimas, con proteínasa o lisuzima para obtener así el ADN. 00:13:19
También es posible a la vez que rompemos la membrana celular, es posible a la vez inactivar las nucleasas 00:13:32
Y esto se hace mediante una disolución estampón, disolución estampón de extracción que nos sirve para hacer las dos cosas 00:13:54
Entonces, bueno, pues una disolución puede tener detergentes que solubilizan las membranas y además tener también sales caotrópicas que inactivan las enzimas. 00:14:04
Una vez que ya hemos roto la célula, pues lo que podemos hacer es eliminar los restos de componentes de la célula simplemente pues filtrando o centrifugando. 00:14:18
El ADN se precipita con alcohol, con alcohol muy frío y este alcohol puede ser o etanol o isopropanol o el alcohol isoamílico, porque los ácidos nucleicos son insolubles en los alcoholes y además también así conseguimos eliminar las sales. 00:14:32
Y una vez que tenemos precipitado el ADN también podemos hacer una primera purificación y consiste en añadir, por ejemplo, proteasas, que lo que van a hacer las proteasas va a ser desnaturalizar las proteínas que están unidas al ADN, como por ejemplo las histonas. 00:14:58
Si os acordáis en el ADN de células eucariotas, el ADN cuando se iba enrollando hasta formar los cromosomas, el ADN se une a histonas, a esas proteínas que se llaman histonas. 00:15:19
Por lo tanto, para eliminar esas proteínas lo que podemos hacer es añadir unas enzimas que se llaman proteasas y esas enzimas van a desnaturalizar las proteínas que están unidas al ADN. 00:15:34
Y por otro lado también se suele añadir un agente quelante que es el EDTA o igual a veces lo habéis visto como AEDT, que es un reactivo que se utiliza para captar protones, perdón, cationes de calcio o magnesio. 00:15:49
Y si os acordáis, cuando vimos las enzimas, había algunas enzimas que necesitaban de un cofactor para poder funcionar. 00:16:11
Pues entonces, si eliminamos estos cationes, pues las enzimas, como por ejemplo la adenasa, estas enzimas degradan el ADN, pues si eliminamos estos cationes, la enzima no va a poder funcionar, no va a poder degradar al ADN. 00:16:23
Entonces cuando se hace la extracción del ADN normalmente se hace o por rotura mecánica o por tratamiento químico o por digestión enzimática y una vez que tenemos el ADN lo que hacemos es eliminar las proteínas que pueda haber y eliminamos también mediante el EDTA los cationes para que las enzimas que pueda haber como la adenasa no degraden el ADN. 00:16:43
En el caso de si queremos extraer el ADN plasmídico, si os acordáis, las bacterias tienen el ADN genómico, pero luego hay algunas bacterias que tienen un ADN que es extracromosómico y que se llaman plasmidos. 00:17:12
Pues si lo que queremos hacer es extraer el ADN plasmídico 00:17:41
lo que podemos hacer es que como ese ADN plasmídico es más pequeño que el ADN genómico 00:17:47
lo que se hace es primero una desnaturalización del ADN, de todo el ADN que haya 00:17:53
y seguidamente se hace una renaturalización, es decir, se vuelven a desnaturalización 00:18:00
acordaros que era romper los puentes de hidrógeno que había entre las bases nitrogenadas, 00:18:07
o sea, separar las dos cadenas y después se puede hacer una renaturalización, o sea, unir otra vez esas dos cadenas. 00:18:13
Entonces, como el ADN plasmídico es más pequeño, tarda más en renaturalizarse 00:18:21
y por lo tanto el ADN genómico va a precipitar porque se va a formar en la doble hélice más rápida 00:18:27
Y en cambio el plasmídico se nos queda en disolución. 00:18:36
Y así podemos extraer el ADN plasmídico. 00:18:41
Bueno, pues hay dos técnicas que simplemente es por la cantidad de muestra que se analiza. 00:18:46
Una se llama la mini-prep y otra técnica es la maxi-prep. 00:18:56
Entonces es la misma técnica, lo que pasa que esta a escala mayor. 00:19:01
La mini-prep se utilizan 10-30 microgramos y la maxi-prep ya se utilizan cantidades mayores, entre 0,1 y 1 miligramos. 00:19:04
Y ahí en el documento del aula virtual tenéis un poco cómo se haría esta extracción de ADN plasmídico. 00:19:15
Y bueno, simplemente lo que os dicen es, pues se rompen las células del cultivo y aquí dicen mediante un choque alcalino y bueno, se toma un volumen de entre 2 y 5 mililitros de un cultivo 00:19:27
y después se resuspende el pellet, se hace una centrifugación y se resuspende el pellet. 00:19:56
Y se le añade una disolución de hidróxido de sodio y el SDS. 00:20:04
Y entonces, después de esto, con esto se desnaturaliza el ADN 00:20:13
y seguidamente se añade una mezcla de acetato potásico y ácido acético. 00:20:19
genómico y esto provoca la renaturalización del ADN. El ADN plasmídico queda en suspensión 00:20:24
y el ADN genómico y el resto de componentes precipitan. Entonces, después se centrifuga 00:20:34
y en la disolución nos va a quedar el ADN plasmídico. Y lo siguiente, bueno, ahí tenéis 00:20:42
también un vídeo, si queréis echar un vistazo sobre cómo se hace esta extracción del ADN 00:20:52
plasmídico. Y lo siguiente que tenemos sería la extracción de ARN. La extracción de ARN 00:21:00
es parecida a la extracción de ADN, lo único que tenemos que tener cuidado es que no tengamos 00:21:07
las enzimas ARNASAS. Estas enzimas lo que hacen es degradar el ARN y para hacer esta 00:21:14
extracción se suele hacer con cloroformo, pero el proceso es muy parecido al del ADN 00:21:23
y actualmente hay kits para extraer tanto el ADN genómico como el plasmídico como 00:21:32
El ARN. Bueno, esto ya es lo que os he contado antes. Una vez que se extrae el ADN, se precipita en alcohol. Lo del frío es muy importante, tenerlo en frío. Y bueno, esto ya es lo que os he comentado. 00:21:40
Luego, para una primera purificación, se añaden las proteasas para eliminar las histonas y el EDTA que elimina los cationes de calcio y magnesio. 00:22:12
Para trabajar con ácidos nucleicos hay que tener cuidado en el laboratorio y trabajar, por ejemplo, con guantes. 00:22:27
Las muestras siempre hay que mantenerlas en hielo, esto es importante. 00:22:36
Bueno, las muestras, las disoluciones tampón también 00:22:40
Es mejor no usar vórtex en la extracción 00:22:45
El vórtex es simplemente para agitar una disolución 00:22:49
Prevenir al máximo las contaminaciones 00:22:54
Y todos los extractos que obtengamos los tenemos que conservar 00:23:00
O en agua o en una disolución tampón apropiada 00:23:04
y a menos 20 grados centígrados, o sea, mejor en el congelador. 00:23:08
Ahora, para purificar los ácidos nucleicos, pues se puede utilizar una de estas tres técnicas, 00:23:19
pero normalmente lo que se hace es combinarlas. 00:23:31
Entonces puede ser extracción-precipitación o una centrifugación o una cromatografía. 00:23:36
Para hacer una extracción precipitación sería una extracción líquido-líquido en el que utilizaríamos disolventes como fenol cloroformo 00:23:41
y así se eliminarían las proteínas y el ARN nos quedaría en la fase acusa y en la fase orgánica nos quedaría el ADN 00:23:53
Sin embargo, esta técnica tiene como desventajas que el fenol y el cloroformo son reactivos peligrosos, son incómodos de utilizar y la extracción es un tanto laboriosa. 00:24:03
Otra forma de purificarlo el ADN obtenido sería mediante centrifugación. 00:24:19
Y la centrifugación se hace preparando una disolución de cloruro de cesio que va a tener diferentes zonas que van a tener diferente densidad. 00:24:26
Entonces, el ADN o el ARN se van a separar en función de su densidad. 00:24:41
O sea, simplemente es eso, preparar una disolución de cloruro de sodio que va a tener diferentes gradientes, diferentes tramos en la que tenemos diferentes densidades y ahí se va a quedar el ADN en un gradiente o en otro dependiendo de su densidad. 00:24:48
densidad. Y por último tenemos la técnica de cromatografía que ya la vimos un poco en proteínas 00:25:14
y esta técnica, os acordáis que teníamos una fase estacionaria y una fase móvil. Entonces hay 00:25:24
diferentes tipos de cromatografía para ADN, tenemos cromatografía de exclusión molecular que se llama 00:25:34
también permeación sobre gel, cromatografía de intercambio iónico y cromatografía de 00:25:41
absorción. Vamos a verlas un poquito, aunque vamos a repasarlas, aunque ya vimos un poco 00:25:48
en proteínas. Si os acordáis, la cromatografía de permeación sobre gel simplemente era que 00:25:55
La fase estacionaria era una matriz, normalmente un polímero, y esa matriz, ese polímero, lo que tiene son como bolas que tienen poros, 00:26:03
que tienen poros en los que se van quedando retenidas las moléculas de menor tamaño y las moléculas de mayor tamaño van a salir primero. 00:26:14
Y así se van separando los componentes de nuestra muestra en función de la masa molecular. 00:26:26
Entonces esto es exclusión molecular o permeación sobre gel. 00:26:36
Después tenemos la técnica, la cromatografía de intercambio iónico. 00:26:42
Si os acordáis de esta técnica, la matriz, que es la fase estacionaria, está cargada, 00:26:47
que podía ser que estuviera cargada positivamente o negativamente 00:26:52
y en función de la carga de los componentes de nuestra muestra 00:26:57
pues se van uniendo a la matriz o van eluyendo. 00:27:01
Bueno, pues aquí también podemos ir separando los ácidos nucleicos 00:27:08
como tienen el grupo fosfato, tienen carga negativa 00:27:13
y por lo tanto necesitaremos una matriz con carga positiva 00:27:19
para que los ácidos nucleicos queden ahí unidos a la matriz 00:27:24
y así separaríamos el resto de componentes que tengamos ahí en la disolución 00:27:29
por si queda alguna proteína o algún otro reactivo 00:27:35
y una vez que ya tenemos separados esos componentes 00:27:41
pues ya solo nos quedaría sacar esos ácidos nucleicos que se han quedado unidos a la fase estacionaria, 00:27:44
ya nos quedaría el huirlos, o sea, ya separarlos de la fase estacionaria. 00:27:53
Y por último tendríamos la cromatografía de absorción, que en esta cromatografía como fase estacionaria 00:28:02
se utiliza sílice o vidrio y en presencia de sales caotrópicas. 00:28:08
Entonces los ácidos nucleicos se fijan a esta matriz de sílice o vidrio y lo mismo, una vez que ya tenemos separados los ácidos nucleicos pues los eluimos con agua o con otro tapón salino. 00:28:16
Bueno, pues ya hemos extraído el ADN y hemos hecho una purificación, pues podemos haber hecho una centrifugación y luego una cromatografía o simplemente solo una cromatografía, normalmente se combinan las técnicas. 00:28:35
Bien, pues ahora tenemos nuestro ADN, pero queremos saber cómo de puro tenemos esa muestra de ADN. 00:29:01
Bueno, pues esto se analiza mediante espectrofotometría de luz ultravioleta. 00:29:12
También se puede analizar por luz visible, pero ya se necesitan otro tipo de reactivos. 00:29:19
activos. El ADN y el ARN y los oligonucleótidos, incluso los mononucleótidos pueden cuantificarse 00:29:24
directamente en disoluciones acuosas, en forma diluida o sin diluir, midiendo la absorbancia 00:29:38
de luz ultravioleta. Entonces, si la muestra es pura, pues vamos a medir la absorbancia, 00:29:44
O sea, vamos a incidir a nuestra muestra con una luz ultravioleta y la muestra va a absorber parte de esa luz. 00:29:54
Pues vamos a medir cuánto absorbe nuestra muestra a 260. 00:30:05
Esta será la medida para los ácidos nucleicos. 00:30:11
Y podemos medir la concentración de esa disolución que tenemos. 00:30:16
podemos medir la concentración, midiendo la absorbancia a esta longitud de onda y comparando con un blanco. 00:30:23
Normalmente los ácidos nucleicos se disuelven en una disolución tampón, acuosa, que es el TE. 00:30:32
Esto que os suene, el TE, que es el Tris y el Ecta, el EDTA. 00:30:40
Una disolución tampón, el TE. 00:30:47
Entonces, sí, bueno este sería el espectrofotómetro y estas serían las cubetas que se utilizan para este tipo de espectrofotómetro 00:30:51
que son un tipo de cubetas especiales, son diferentes a las cubetas que se utilizan normalmente en ultravioletas, tienen menor capacidad 00:31:04
Y aquí en este instrumento lo que vamos a tener es, nos va a dar la absorbancia y nos va a dar también la relación de absorbancias. 00:31:16
Ahora vamos a ver lo de la relación de absorbancias. Vamos a mirar primero la absorbancia. 00:31:29
Entonces, si el paso de luz es de 10 milímetros, el paso de luz se refiere al tamaño de la cubeta, que normalmente suele ser de 10 milímetros. 00:31:34
Y si la longitud de onda que estamos midiendo es a 260, pues si la absorbancia nos sale 1, esto quiere decir que tenemos como alrededor de 50 microgramos por mililitro de ADN de doble cadena. 00:31:44
Si lo que tenemos es una sola cadena de ADN, pues si la absorbancia nos da 1, tendríamos 37 microgramos mililitro. 00:32:02
Si lo que tenemos es ARN, pues entonces nos va a dar, si la absorbancia nos sale 1, tendríamos una concentración de 40 microgramos por mililitro 00:32:12
Y si son oligonucleótidos y la absorbancia nos sale 1, pues tendremos una concentración de 30 microgramos por mililitro 00:32:25
O sea que podemos cuantificar qué cantidad de ADN tenemos 00:32:34
Eso por un lado. Y por otro lado, lo que podemos hacer es saber cuánto de puro tenemos, cuál es la pureza de nuestro ADN que hemos aislado. 00:32:41
Si os acordáis cuando vimos proteínas, también vimos que la absorción de las proteínas era a 260 nanómetros. 00:32:52
Por lo tanto, si medimos a 260 y medimos a 280 nanómetros y dividimos esas dos absorciones de 260 entre 280, si el valor que nos sale es alrededor de 1,8 o 2, pues eso nos está indicando que tenemos el ADN o el ARN puros. 00:33:02
Ahora, si esa relación nos saliera bastante menor de 1,8 y 2, pues esto nos está indicando que el ADN puede que contenga proteínas, que ya no está tan puro. 00:33:24
Por otro lado, si medimos a 230 y nos sale absorción a 230 nanómetros, esto va a querer decir que la muestra está contaminada, pues puede estar contaminada por hidratos de carbono, por péptidos, por fenoles, por compuestos aromáticos, por otras sustancias. 00:33:46
Y si medimos la relación entre la absorbancia a 260 y la de 230, si esta relación es de 2,2, esto quiere decir que tenemos muestras puras. 00:34:09
Y ya por último, si medimos a 325 y sale absorbancia, si la muestra absorbe aquí a 325 nanómetros, eso nos va a estar indicando que tenemos restos en la disolución o que podemos tener suciedad en la cubeta. 00:34:26
Vale, entonces esto sería para saber qué grado de pureza tiene nuestro ADN. 00:34:49
El más importante es la relación entre la absorbancia 260 y la de 280. 00:35:05
Acordaros que la de 280 sería la absorción de proteínas. 00:35:14
Si nos sale cerca de 1,8 o 2, esto quiere decir que tenemos el ADN bastante puro o el ARN. 00:35:19
Entonces, este instrumento en realidad es un espectrofotómetro. 00:35:34
Para los que vinisteis a prácticas, que medimos la caseína, ¿os acordáis que teníamos unas cubetas? Pues esto simplemente es colocar aquí la cubeta y lo que estamos haciendo es una espectrofotometría. 00:35:40
Hacemos incidir nuestra muestra con una luz ultravioleta y lo que vamos a ver es lo que absorbe, qué cantidad absorbe nuestra muestra 00:35:59
Y el instrumento también nos da directamente la relación de absorbancias, de 260 a 280 también nos lo da directamente 00:36:11
Bueno, pues por último vamos a ver, una vez que tenemos nuestro ADN, el ADN como es una macromolécula, es una molécula muy grande, muchas veces lo que se hace es partir, fragmentarlo, fragmentar el ADN para poder luego analizarlo. 00:36:28
Ya vamos a ver cómo se fragmenta en el próximo día y veremos luego otras técnicas que se utilizan. 00:36:48
Entonces, una vez que tenemos fragmentado el ADN, muchas veces lo que queremos ver es en qué fragmento se ha dividido ese ADN y qué masa molecular tiene ese ADN. 00:37:02
Pues si os acordáis cuando vimos las proteínas que hacíamos también una electroforesis pero aquella era en gel de poliacrilamida y bueno pues esto es algo parecido lo que pasa que aquí el gel que se prepara es un gel de agarosa. 00:37:14
La agarosa es un polisacárido que se obtiene de las algas 00:37:34
y cuando preparamos este gel, lo que ocurre es que este gel va a tener agujerillos, 00:37:40
como pocillos, por los que va a tener que pasar nuestro ADN. 00:37:50
Por lo tanto los ADN que sean de mayor masa molecular pues les va a costar más pasar por esos agujerillos y entonces se van a quedar más retenidos. 00:37:57
Y en cambio los fragmentos de ADN que sean más pequeños, que tengan menor masa molecular, pues van a traspasar fácilmente el gel y van a pasar más rápido que los de mayor masa molecular que se quedan más retenidos. 00:38:10
En este caso, si os acordáis, en el gel de poliacrilamida las cubetas eran verticales. Pues en este caso las cubetas son verticales. Simplemente es una cubeta y lo que vamos a hacer es, bueno, lo primero que se hace es preparar el gel. 00:38:31
simplemente se prepara disolviendo la agarosa, disolviéndola en un tampón, en una disolución tampón adecuada 00:38:50
que puede ser el TAE, la T es del Tris, la A es de ácido acético y la E es del EDTA. 00:39:00
Es otra disolución tampón que se utiliza para preparar estos geles. 00:39:12
y se disuelve la cantidad correspondiente y como la agarosa es líquida a más de 50 grados, 00:39:17
pues la dejamos enfriar directamente en una cubeta, la dejamos enfriar y ahí se nos formará el gel sólido, 00:39:30
se nos quedará un gel sólido. Y antes de que se enfríe, tenemos que poner un peine para que se nos generen ahí unos pocillos. 00:39:40
El gel, imaginaros que este es el gel, pues lo que tenemos que hacer es generar unos pocillos, unos pocillos aquí, 00:39:52
por los que vamos a introducir nuestra muestra. 00:40:01
Entonces, lo que os decía, esos pocillos se generan antes de que se enfríe el gel, 00:40:10
tendríamos que meter aquí un peine para que luego se generen esos pocillos. 00:40:16
Una vez que ya tenemos el gel, lo que se hace es introducir las muestras con una pipeta, 00:40:22
con una micropipeta, se van introduciendo las muestras 00:40:28
y lo que se hace después es aplicar un campo eléctrico. 00:40:31
Esto es como en la electroforesis con gel de poliacrilamida. 00:40:36
Pues aquí como el ADN tiene carga negativa, porque el ADN como tiene los grupos fosfato, 00:40:45
esos grupos fosfato van a aportar carga negativa. 00:40:53
Por lo tanto el ADN cuando le apliquemos un campo eléctrico lo que va a hacer es desplazarse hacia el polo positivo. Todos los fragmentos de ADN se van a desplazar hacia el polo positivo. 00:40:56
Los que tengan mayor masa molecular pues quedarán más retenidos en el gel y los que tengan menor masa molecular pasan a través del gel y aparecen más tarde. 00:41:12
Y aquí lo que se hace también es, igual que en el gel de poliacrilamida, lo que se hace es poner un marcador de masas moleculares. 00:41:24
Un marcador de masas moleculares es una mezcla de fragmentos de ADN de la que conocemos sus masas moleculares y esto nos va a servir como referencia. 00:41:37
Entonces, en este caso tendríamos aquí, este sería el marcador de masas moleculares 00:41:49
Y luego tendríamos nuestra muestra 00:41:59
Aquí serían, hemos cargado aquí una muestra y aquí otra 00:42:01
Entonces, una vez que ya tenemos, hemos aplicado el campo eléctrico 00:42:06
Y ya ha terminado de correr el ADN en el gel 00:42:12
Pues lo que se hace es aplicarle un tinte a nuestro gel 00:42:15
para ver las bandas 00:42:20
bueno pues 00:42:22
antiguamente se utilizaba 00:42:24
el bromuro de etirium 00:42:26
pero 00:42:29
ya casi no se utiliza 00:42:30
porque es un reactivo 00:42:33
que es mutagénico 00:42:35
entonces ahora se ha cambiado por otros 00:42:36
reactivos como por ejemplo hay uno 00:42:39
que se llama el cybergreen 00:42:40
y lo que hace este reactivo 00:42:42
se introduce entre las 00:42:45
la doble hélice de ADN 00:42:46
Y después con una lámpara de luz ultravioleta podemos ver las franjas de ADN que se han ido formando. 00:42:48
Y lo siguiente que tendríamos que hacer es, con nuestra muestra patrón, lo que tenemos que hacer es representar la distancia que han recorrido en el gel, 00:43:01
La distancia que ha recorrido nuestra muestra patrón frente al logaritmo de la longitud del ADN, que esta la conocemos, ¿vale? 00:43:13
Nosotros tendríamos esta muestra patrón que tiene estas, estas serían BP, son pares de bases, por lo tanto sabemos que mediríamos la distancia de aquí hasta aquí 00:43:24
Y esta sería la de 2.000 pares de bases. La siguiente distancia correspondería a 1.500 pares de bases. 00:43:38
La siguiente a 1.000 pares de bases. Así que representaríamos la distancia a la que aparecen en el gel frente a la longitud de este valor. 00:43:48
la distancia que recorren en el gel 00:43:59
la distancia en la que aparece el fragmento 00:44:03
frente al logaritmo del valor 00:44:06
que nos dan de ADN, que en este caso es valor de 00:44:10
pares de bases, por lo tanto haríamos 00:44:15
esa representación que nos tiene que dar una recta dependiente negativa 00:44:19
aquí es un menos 59,8 por x 00:44:24
Y ahora en nuestra muestra, la muestra que midamos, pues mediríamos qué distancia ha recorrido y lo pondríamos en nuestra recta y así calcularíamos el valor, no sé, nos saldría el valor de la longitud, o sea del logaritmo de la longitud del ADN. 00:44:27
Y de ahí tendríamos que despejar lo que es el ADN. 00:44:53
Vale, bueno, en el documento del aula virtual tenéis un ejercicio, tenéis una autoevaluación y si queréis os dejo esta semana para que lo intentéis hacer y ya el próximo día lo podemos corregir. 00:44:58
Y en principio no es muy difícil. Primero identificar las bandas, a qué corresponde cada banda y luego sería hacer la representación esta. Haríamos la representación y nos saldría una recta. 00:45:34
Y a partir de esa recta nos hacen la pregunta, pues si tuviésemos un fragmento de ADN que aparece a tanta distancia, ¿cuál sería el tamaño de ese fragmento de ADN? 00:45:56
Pues entonces tendríamos que medir la distancia y poner aquí ese valor que nos salga y de ahí ya sacaríamos el logaritmo. 00:46:10
Aquí hay que tener cuidado porque lo que sacamos es el logaritmo y de ahí tendríamos que despejar el tamaño de ese ADN. 00:46:20
Bueno, pues este ejercicio os lo dejo para que lo hagáis en casa. Si no sabéis ya, el próximo día ya lo corregimos. 00:46:27
Vale, y entonces ahora, ¿aquí ya terminaría este tema, el tema 3? 00:46:42
Profe, perdone, tengo una pregunta. 00:46:49
Sí, dime. 00:46:51
la X 00:46:53
que dice logaritmo 00:46:56
de la longitud del ADN 00:46:57
viene a ser 00:46:59
el logaritmo de esas bases 00:47:01
de pares 00:47:04
de los pares de bases 00:47:04
el logaritmo de eso es lo que está 00:47:07
trasladado aquí, el logaritmo 00:47:11
en la X 00:47:13
no, no, no 00:47:14
esta X sí que es 00:47:17
en la gráfica 00:47:19
¿Cómo llego yo a esos valores de X? 00:47:22
De 2.2, 2.4, 2.6. 00:47:26
Porque tienes que hacer el logaritmo de... 00:47:28
El logaritmo de... 00:47:31
Sí, el logaritmo de 250, el logaritmo de 500, sí. 00:47:33
Vale, vale, vale, vale. 00:47:37
Ya, ya. 00:47:38
Listo. 00:47:39
Vale, pues entonces, eso. 00:47:40
Aquí terminaríamos el tema 3. 00:47:45
Y, bueno, no sé, ¿tenéis alguna duda más? 00:47:49
No. 00:47:56
Bueno, pues vamos a volver a los problemas que empezamos el otro día y vamos a corregir a ver los que nos dé tiempo. Voy a buscarlos, creo que están aquí. 00:47:56
Sí, vale. Bueno, el otro día hicimos el 11, el 12, no, el 10. El 10 no lo hicimos, ¿no? Yo creo que hicimos el 11, el 12 y el 22. 00:48:11
Exacto, es por lo que sí. 00:48:41
Sí. Bueno, el primero, el 10, es que es fácil. Dice, si un polipeptido tiene 450 aminoácidos, indique cuántos ribonucleótidos tendrá el fragmento de ARN mensajero que codifica esos aminoácidos. 00:48:43
Perdón, el profe no está compartiendo los ejercicios. 00:49:01
Ah, ¿no lo veis? 00:49:05
No. 00:49:07
Ah, vale, pues a ver. Bueno, le voy a dar a detener. 00:49:08
Y luego voy a volver a la pantalla. ¿Ahora? Ahora sí. Vale. Vale, pues el primero decía, si un polipeptido tiene 450 aminoácidos y en cuanto a ribonucleótidos tendrá el fragmento de ARN mensajero que codifica esos aminoácidos. 00:49:15
Pues como vimos que cada tres bases codifican a un aminoácido, pues tendría que ser 450 por 3, que son 1.350. Serían 1.350 ribonucleótidos que tendría ese fragmento de ARN mensajero. 00:49:58
¿Lo veis? 00:50:25
Sí. 00:50:32
Bueno, vamos a ir por orden. 00:50:37
El 23, teniendo en cuenta la tabla de correspondencias entre tripletes y aminoácidos, indique una secuencia de ADN que codifique el péptido, leucina, lanina, prolina, serina, ginina, ginina, valina. 00:50:42
Entonces esto sería buscar en la tabla, que creo que tenemos por aquí, sí, sería ir buscando en la tabla, sería ir buscando pues la leucina, aquí podéis poner cualquiera de estos tripletes, luego pues la prolina, pues cualquiera de estos, vale, aquí se pueden poner cualquiera de esos. 00:51:00
Entonces, pues podría ser, por ejemplo, yo lo que he puesto es… a ver, estoy pensando que igual voy a compartir también las soluciones para que lo veamos, porque si no, así dicho de palabra, yo creo que es peor. 00:51:23
Un segundo que voy a grabarlo. Voy a detener esto. Un momentito que detengo esto y cierro aquí. 00:51:55
¿Veis ahora los ejercicios? 00:52:47
Sí 00:54:29
Vale 00:54:30
Bueno, pues eso, estábamos en el 23 00:54:30
que dice, teniendo en cuenta la tabla de correspondencias 00:54:35
entre tripletes y aminoácidos 00:54:38
indique una secuencia de ADN 00:54:39
hay que tener en cuenta que es ADN 00:54:42
que codifique el péptido 00:54:44
este leucina, alanina, valina, entonces tendríamos que buscar primero en el código genético los tripletes de cada aminoácido, 00:54:46
entonces por ejemplo para leucina pues yo he puesto AUG, pero ya habéis visto que puede haber varios, alanina, CUU, trolina, GCU, serina, CCU, 00:55:00
Así cada uno, pero ese sería el ARN mensajero, o sea, tenemos que ir como hacia atrás. Desde la proteína tenemos que pasar por el ARN mensajero y del ARN mensajero al ADN. 00:55:13
Y entonces, en el ARN mensajero, tened cuidado que hay que poner uracilo, bueno, eso ya como en la tabla ya nos aparece el código genético, o sea, sí, en la tabla del código genético ya nos aparece, ¿dónde está? Aquí, ¿vale? 00:55:28
Entonces, sería buscar ahí en la tabla y a partir de este ARN mensajero, obtener el ADN. 00:55:49
Entonces, el ADN tiene que ser el complementario. 00:56:04
Si hemos puesto aquí adenina, pues aquí tiene que ser timina. 00:56:07
Si hemos puesto uracilo, será adenina. 00:56:12
Guanina, citosina. 00:56:15
Citosina, guanina. 00:56:18
Uracilo, adenina. 00:56:20
uracilo, adenina, guanina, citosina, citosina, guanina 00:56:21
uracilo, adenina, y así sucesivamente 00:56:25
¿vale? ¿lo veis? aquí por ejemplo tenemos uracilo, pues adenina 00:56:28
y aquí adenina, en este caso es timina 00:56:33
porque es ADN, adenina, timina también, que tenemos 00:56:37
ADN, y esta es la cadena 5', 3' 00:56:41
que es el ARN mensajero, el ARN mensajero 00:56:45
siempre va a ser esta, ¿vale? Cinco prima, tres prima. Y de la cadena de la que proviene 00:56:49
es la complementaria, que es la tres prima, cinco prima, el ADN. ¿Alguna duda de esto? 00:56:55
Yo lo que iba a preguntar es que siempre que nos hablen de la secuencia ADN, primero tenemos 00:57:09
que ser la de ARN 00:57:14
ARN mensajero y posteriormente 00:57:15
la de ADN 00:57:18
si nos hablan 00:57:19
si nos hablan de 00:57:20
si nos dicen a partir 00:57:23
de esta proteína 00:57:26
que ADN 00:57:27
o sea a partir de que ADN se ha formado 00:57:28
esta proteína, sí, tenemos que 00:57:31
ir eso, paso a paso 00:57:34
¿vale? porque 00:57:35
si fuera 00:57:37
o sea lo normal es que 00:57:38
a partir de este ADN 00:57:41
De este ADN con la transcripción se obtiene este ARN mensajero y con la traducción se obtiene esta proteína. 00:57:43
Eso sería el paso normal, de ADN se obtienen las proteínas, pero aquí en este ejercicio nos dicen como que ir hacia atrás. 00:57:53
entonces a partir de esta proteína tenemos que buscar el ARN mensajero 00:58:04
y del ARN mensajero tenemos que ir como hacia atrás y buscar el ADN 00:58:09
pero luego puede haber un ejercicio en el que simplemente nos digan 00:58:13
pues a partir de este ADN que ARN mensajero se forma 00:58:17
entonces dependiendo del ejercicio 00:58:21
pero en este caso si tenemos que buscar primero el ARN 00:58:22
bueno, lo podríais hacer directamente haber puesto el ADN 00:58:27
pero bueno, es más fácil hacer el ARN mensajero con la tabla del código genético 00:58:32
y luego a partir de ahí el ADN. 00:58:38
¿Y AUG no es de la medicina? 00:58:45
A ver, que no te oigo bien. 00:58:48
Estaba viendo la tabla y las tres primeras bases AUG no corresponden a la metionina. 00:58:51
¿Cómo lo conté? 00:59:01
A ver. 00:59:03
A lo mejor no está bien 00:59:03
El primero era 00:59:06
Sí, es verdad 00:59:14
Debería ser uno de estos 00:59:15
La leucina es el primero 00:59:21
Ah, pues sí 00:59:23
Sí, pues eso 00:59:24
No sé, vale, eso lo miro 00:59:29
Y luego los otros están bien 00:59:31
A ver, ¿dónde está? 00:59:35
El siguiente es a la nina 00:59:43
Que es T.U. 00:59:45
Ah, vale, sí, ya sé por qué está puesto así 00:59:46
El CU es la leucina. 00:59:49
Es que está puesto así porque como normalmente se empieza por la metionina, pues he añadido ese, pero no haría falta. 01:00:03
Este primero de aquí, os acordáis que el otro día en la traducción vimos que siempre se empezaba por la metionina 01:00:13
Y la metionina corresponde a este, al AUG 01:00:20
Y por eso he puesto este, el AUG, pero bueno, no haría falta poner este 01:00:24
Y luego ya la leucina sí que se corresponde con el CUU 01:00:30
Y la alanina debería ser GCU 01:00:34
¿Y al final también has puesto uno de más? 01:00:38
Sí, a ver un momento, la alanina es GC1. 01:00:53
Claro, luego estaría la prolina, este sería la serina, la arginina, otra arginina, la valina y luego he puesto el de terminación, el stop, que sería UAA. 01:01:05
Pero bueno, que esto si no lo ponéis no pasa nada, está un poco de más. 01:01:20
Por eso ahí está el AUG, que es el que inicia, que es la metionina, y el que termina es el UAA, que es uno de ellos un triple testop. Pero si ponéis solamente estos estaría bien. 01:01:25
Luego el 24 dice, exponga razonadamente si el ADN de una célula de la piel de un individuo contendrá la misma información genética que una célula del hígado 01:01:40
Sintetiza las dos células las mismas proteínas, razone la respuesta 01:01:56
¿Creéis que el ADN de la célula de la piel contiene la misma información que una célula del hígado? 01:02:04
Bueno, la información del ADN sí que es la misma, lo que pasa que la va a codificar a diferentes proteínas dependiendo si es la célula de un hígado o la célula de la piel. 01:02:14
Entonces se sintetizan proteínas diferentes, pero lo que es el ADN, lo que es la información genética sí que es igual en las dos células. 01:02:34
Lo único es que se codifican proteínas diferentes. 01:02:44
Luego este es parte de la secuencia de aminoácidos de una proteína 01:02:49
Está indicada en la fila superior de este cuadro 01:03:01
Tenemos leucina, serina, lanina, glicina y glutámico 01:03:05
Copie la siguiente tabla y complete los espacios en blanco con los tripletes correspondientes 01:03:09
Bueno pues aquí por ejemplo en el primero nos daban la leucina y nos dan el ADN molde 01:03:15
que es el AAC 01:03:21
pues entonces a partir de aquí 01:03:24
del ADN molde tendríamos que 01:03:28
poner el ARN mensajero 01:03:30
como es el complementario sería uracilo 01:03:33
uracilo y 01:03:36
citosina guanina 01:03:39
UUG, este sería el ARN 01:03:42
mensajero y luego el ARN 01:03:46
de transferencia pues sería AAC 01:03:48
sería el complementario a este ARN mensajero, el AAC. 01:03:51
En la siguiente tabla nos dan la serina y aquí nos dan el ARN mensajero. 01:03:58
Pues el ADN molde del que proviene, que será el complementario, 01:04:04
en vez de uracilo tenemos adenina, en vez de citosina, guanina, 01:04:10
en vez de uracilo, adenina. 01:04:14
Y el ARN de transferencia es igual, que es adenina también, AGA. Aquí, por ejemplo, hay que tener cuidado aquí con la glicina. Con la glicina nos dan el ARN de transferencia, que es CCU. 01:04:16
Luego, este ARN de transferencia es el anticodón, acordaros que el nombre es anticodón, del codón este que es del ARN mensajero, entonces citosina, guanina, citosina, guanina, uracilo, adenina. 01:04:36
Y el ADN molde sería CCT. Fijaros que aquí el ADN molde es CCT y el ARN de transferencia CCU. Fijaros que no siempre es igual el ARN de transferencia que el ADN molde. 01:04:55
Aquí lo mismo, aquí el ADN molde es CCT, luego el ARN de transferencia sería el complementario GAA y el ARN mensajero GAA y el ARN de transferencia es CUU, porque como es ARN tiene que tener puracilo. 01:05:11
En cambio aquí el ADN tiene timina. Bueno, yo creo que esto sí que lo veis, es cuestión un poco de práctica y es fácil yo creo. 01:05:33
El 31 nos dice, ¿cuáles serán los anticodones de los ARN de transferencia o transferentes correspondientes a la molécula de ARN mensajero? 01:05:50
Bueno, pues esto también es ir haciendo de cada, por cada tres bases nitrogenadas, pues hacer el anticodón 01:05:59
Pues el primero es GAU, pues el anticodón sería CUA 01:06:09
Bueno, este no, como ya casi es la hora, ya si tenéis alguna duda, ya el próximo día ya los terminamos de corregir 01:06:15
Y, a ver, vamos a hacer, bueno, este por ejemplo, tenemos dos moléculas de ADN, la 1 y la 2, de doble cadena y de la misma longitud. 01:06:26
Sometemos a ambas a altas temperaturas y observamos que el ADN 1 se desnaturaliza antes que el ADN 2. 01:06:43
Y explique este resultado. ¿Cuál de las dos moléculas de ADN tendrá mayor cantidad de guanina? 01:06:51
Bueno, pues como el ADN1 se desnaturaliza antes, pues esto nos da a entender que el ADN1 tiene que tener menos cantidad de guanina. 01:06:57
Si os acordáis, las puentes de hidrógeno entre las bases nitrogenadas, entre adenina y timina había dos puentes de hidrógeno y entre citosina y guanina había tres puentes de hidrógeno. 01:07:10
Por lo tanto, para desnaturalizar, como en la desnaturalización lo que se hace es romper esos puentes de hidrógeno, pues si tenemos más cantidad de guanina y citosina nos va a costar más romper esos puentes de hidrógeno, se necesita más tiempo para romper esos puentes de hidrógeno. 01:07:25
Por lo tanto, el ADN1 tiene menor proporción de pares de bases guanina-citosina. 01:07:46
Bueno, pues yo creo que ya como son las 7 menos cuarto, lo dejamos aquí y el próximo día hacemos como hoy, 01:07:59
explico un poquito de teoría y terminamos de corregir estos problemas. 01:08:08
Vale. 01:08:15
Profe, ¿esos problemas los va a colgar en el aula virtual? 01:08:16
Para los que no podemos entrar a clase la próxima semana 01:08:21
Sí, los pongo en el aula virtual 01:08:23
Pero ya la próxima semana 01:08:26
Para que los intentéis 01:08:28
Los que no hayáis podido los termináis de hacer 01:08:31
Y los corregimos 01:08:34
Autor/es:
S.A.
Subido por:
Susana A.
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Fecha:
17 de marzo de 2024 - 13:19
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Centro:
IES LOPE DE VEGA
Duración:
1h′ 08′ 38″
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